при суммарном налете около 38 часов на самолете четырежды меняли двигатель! Из-за большой теплонапряженности его конструкции пришлось установить дополнительные патрубки обдува мотоотсека и заменить электрожгуты в зоне двигателя на термостойкие. По опыту полетов на С-1, для исключения случаев помпажа максимальную скорость на период заводских испытаний ограничили числом М=1,83. Другой мерой стало оснащение двигателя т.н. лентами перепуска на 4-й и 5-й ступенях компрессора, которые, однако, сильно снижали тягу АЛ-7Ф на числах М›1,6. Поэтому на Т-3 так и не удалось достичь скорости более 1930 км/ч и высоты более 18300 м.

Испытатели отметили избыточную эффективность элеронов. Было рекомендовано заменить тросовую проводку управления элеронами и стабилизатором на жесткую,установить в системе продольного управления автомат регулировки загрузки (АРЗ), а в системе путевого управления – демпфер колебаний. Вызвали нарекания летчиков и дырявые тормозные щитки, т.к. при их выпуске возникали неприятные звуковые ощущения, было решено заменить их на обычные. Кроме того, стало ясно, что при нерегулируемом входном устройстве и прежней конфигурации обтекателей антенн РЛС машина не сможет достичь заданных скорости и высоты полета. В ОКБ к тому времени уже рассматривались новые, более удачные варианты воздухозаборников.

По согласованию с МАП, для отработки системы вооружения К-7 было решено построить второй экземпляр перехватчика (т.н. дублер), получивший заводское обозначение ПТ-7. Для применения ракет на самолете устанавливался модернизированный вариант РЛС Алмаз-7, а взамен оптического прицела АСП-5Н – устройство ПВУ-67. Для улучшения условий работы РЛС перекомпоновали воздухозаборник: обтекатель прицельной антенны вместо полусферического стал коническим и был перенесен ниже к обечайке входного устройства, а плоскость среза воздухозаборника для улучшения работы на больших углах атаки отклонили вниз на 16. Пушки не устанавливались, а на подкрыльевых пилонах была предусмотрена подвеска двух ракет типа К-7 (или К-6В). Рабочее проектирование самолета было завершено в декабре 1955 г.